Aufgrund seiner hochschulübergreifenden Struktur ist der Studiengang HWI sowohl an der Universität als auch an der Hochschule für Angewandte Wissenschaften als eigenes Department organisiert und hat demnach auch jeweils eine eigene Fachschaft.
Dadurch bietet sich die Chance, die Interessen der Studierenden des HWI – auch in anderen Gremien wie bspw. dem Studierendenparlament (HAW, UHH), dem gemeinsamen Ausschuss oder dem Prüfungsausschuss – gezielter vertreten zu können.